Польза микроорганизмов в природе заключается в поддержании экологического равновесия, разложении органических остатков, участии в круговороте веществ (например, азота и углерода). Вред может заключаться в том, что некоторые микроорганизмы вызывают болезни у растений и животных, а также порчу продуктов.